EtBr 과 PCR gel

EtBr 과 PCR gel

 

 

 

 

EtBr(Ethidium Bromide)는 자외선(UV)를 받으면 가시광선으로 파장을 변화시키는 형광물질로써, 푸른 빛 계통의 짧은 파장을 파장이 긴 붉은 빛으로 바꾸어 방출시킨다.

 

또 EtBR은 단일가닥 또는 이중나선 구조를 가진 DNA에 부착되는 성질이 있다. DNA에 붙어 있을 때 형광능력이 향상되서 자외선을 쬐었을 때, 그냥 있었을 때 보다 더 밝게 빛나게 된다.

 

254nm 정도의 파장인 UV가 DNA에 부딪힐 때 300~370nm 의 파장으로 반사되게 되는데, 이 빛을 EtBr에 흡수 된 다음 590nm의 가시광선으로 바뀌게 된다.

 

EtBr은 전기영동 종료 후 넣기도 하고 전기영동 전 Gel 을 만들 때 미리 넣어주기도 한다.

 

EtBr을 미리 넣는 법과 끝난 뒤 넣는 방법이 별로 상관 없이 느껴질 수도 있지만. EtBr이 붙어 있는 DNA는 그 분자량과 구조가 gel을 통과 할때 저항을 더 받게 되어 속도가 10~15% 정도 지연되게 된다.

 

*같은 길이의 DNA 라도 그 GC/AT 비율 차이에 따라 운동속도 차이가 나게 되는데 EtBr이 붙어 있으면 그 차이가 줄어들게 된다.

 

*Agarose gel : 황산기를 거의 함유하지 않은 한천의 주성분인 다당을 뜨거운 물에 녹인 뒤 냉각해서 만들 Gel 상태의 물질을 말하며, 고분자량 핵산의 gel 전기영동 같은데에 쓰게 된다. PCR 전기영동의 경우 보통 0.75% agarose gel 을 사용하는데, DNA 단편이 gel을 빨리 빠져나가면 Detect 할 때 보이지 않을 수 있으므로 이런 상황이 의심 될때는 1~1.5% 까지 높여서 사용해보기도 한다.